Museum Vest fungerer som et regionmuseum for kommunene Austevoll, Sund, Fjell, Øygarden, Askøy og på noen felt også for Bergen. På samme tid er Museum Vest et temamuseum der den faglige profilen er en sammenfatning av de ulike avdelingenes spesialfelt. Denne profilen kan sammenfattes under følgende tre overskrifter:
• Fiskeri og havbruk, fiskeforedling og fiskehandel. Herunder hanseatenes historie.
• Krig og okkupasjon, forsvar og menneskerettigheter.
• Kystkultur med særlig fokus på et energiperspektiv.
På disse fagområdene har museet ambisjoner utover det regionale nivået. Dette kommer blant annet til uttrykk ved at Museum Vest har påtatt seg et nasjonalt nettverksansvar for fagområdet fiskeri og kystkultur, etter forespørsel fra Kulturrådet.